开源科学

Habitat是一个简单但功能强大的自包含对象存储管理系统. 它基于亚马逊网络服务，拥有几乎无限的存储空间. 而不是一个大型的集中管理系统, Habitat可以用作单个应用程序的本地存储库，也可以与许多客户机共享和使用.

Habitat最适合用于这样的情况:文件的客户端生产者和消费者不需要文件系统协议接口，可以使用http访问存储.

GitHub项目 | 下载的栖息地 

访问任何数据, 在任何地方, 任何形式, 从任何环境, 只使用URL, 只需一次性配置.

从多个来源获取数据, 不同的格式, 将结果合并为具有统一列名的结果, 动态, 使用一个URL.

它的理由d'être是为了提高效率, 非冗余开发依赖于数据的应用程序和实用程序, 数据源查询, 数据分析, 处理管道, 提取, 变换, 和加载(ETL)进程, 等. 游泳时在完成所有这些工作的同时，保持了数据访问与应用程序体系结构的其他方面(如用户界面)之间的完全解耦.

GitHub项目 | 下载等

开发OntoBrowser工具是为了管理本体和代码列表. 该工具的主要目标是为专家管理员提供一个在线协作解决方案，以将代码列表术语(来自多个系统/数据库)映射到首选的本体术语. 其他关键特性包括以分层/图形格式可视化本体, 高级搜索功能, 同行评审/批准工作流和对数据的web服务访问.

GitHub项目 | 下载OntoBrowser

Railroadtracks是一个Python工具包，用于处理依赖任务的图形，例如在生物信息学管道中发现的图形.

它是为了比较RNA-Seq管道而创建的，并发现它在其他情况下也有用处, 例如编写一个灵活的NGS数据QC系统.

GitHub项目 | 下载Railroadtracks | 文件(PDF 0).5 MB)

YAP是一个可扩展的并行框架，用Python编写 开放MPI 库. 它允许研究人员在没有大量并行编程知识的情况下快速构建高吞吐量的大数据管道. 用户通过简单的配置文件与框架交互，以捕获分析参数和用户指向的元数据, 实现可重复研究. 使用YAP，分析人员已经能够实现高达36× in的显著速度 RNASeq 工作流执行时间.

YAP被设计为可扩展和灵活的. 澳门葡京赌场注册已经实施了YAP，重点是下一代测序(NGS), 以满足NIBR的大数据处理挑战. 但是，该框架可以很容易地适用于任何类型的分析. 它可以在本地Linux工作站或大型HPC集群系统上执行. 该框架通过实现优化的数据处理机制来提高效率，例如, 并行数据分布, 使用数据流和命名管道避免文件I/O.

GitHub项目 | 下载另一个管道 

RDKit是一个化学信息学和机器学习软件的集合，用c++和Python编写. 核心算法和数据结构是用c++编写的. 从Python、Java或c#中提供了使用工具包的包装器. 另外, RDKit发行版包括一个基于postgresql的容器，允许分子存储在关系数据库中，并通过子结构和相似性搜索检索.

请参阅 RDKit文档 有关安装、使用、烹饪书等更多信息.

GitHub项目 | 下载RDKit

GridVar是一个jQuery插件，它可以将多维数据集可视化为以行-列格式组织的层. 在每个单元格(i.e., 行与列交点处的矩形), GridVar将数据显示为背景色(如颜色/热图)和/或字形(形状). 这使得数据集的不同特征可以相互分层. 有关使用的更多信息, 必需的库, 和其他开发人员信息, 请在GitHub上查看澳门葡京赌场注册的文档.

GitHub项目 | 下载GridVar